O Museu do Vale do Arinos é uma instituição da administração pública municipal de Juara/MT, de gestão compartilhada com a Universidade do Estado de Mato Grosso (UNEMAT) e com o Instituto de Educação, Cultura e Meio Ambiente do Vale do Arinos (ECUMAM) por meio do Conselho Curador, soberano nas decisões, composto de dez (10) pessoas, incluindo representantes indígenas: 02 representantes da Prefeitura Municipal de Juara; 02 representantes da Universidade do Estado de Mato Grosso (UNEMAT); 02 representantes do Instituto de Educação, Cultura e Meio Ambiente do Vale do Arinos (ECUMAM); 01 representante da etnia indígena Apiaká; 01 representante da etnia indígena Kayabi; 01 representante da etnia indígena Rikbaktsa; 01 representante da etnia indígena Munduruku. Sua atuação tem caráter regional no Vale do Arinos, com anuências dos municípios de Porto dos Gaúchos-MT e de Novo Horizonte do Norte-MT. Sua estrutura organizacional se baseia em cinco câmaras setoriais: a) Câmara Setorial de História; b) Câmara Setorial de Arqueologia; c) Câmara Setorial de Etnologia; d) Câmara Setorial de Natureza; e) Câmara Setorial de Arte. Este modelo institucional permite que sejam contemplados todos os aspectos relativos à diversidade histórica, cultural e natural da região. As câmaras setoriais respondem diretamente à Direção do Museu do Vale do Arinos. Outras estruturas internas respondem diretamente ao Conselho Curador, são elas: a) Coordenação de Ensino; b) Educação à Distância (EaD); d) Coordenação de Pesquisa, Extensão e Inovação; e) Sistemas de Bolsas; f) Biblioteca.